L'ostéopathie est reconnue par le Ministère de la Santé Suisse depuis 2002. La suisse étant une confédération, le rôle de chaque canton est prépondérant dans l'organisation (entre autre) des métiers de la santé. Il n'y donc pas de réglementation nationale des médecines non-conventionnelles et il appartient, à chaque canton d'interdire ou d'autoriser ce type de pratiques.

L'ostéopathie fait partie des professions réglementées pour lesquelles une procédure de reconnaissance est obligatoire. Plus particulièrement, pour un diplôme étranger, tel que celui délivré par le CEESO Lyon, les autorités et institutions compétentes procèdent à un examen afin d'établir l'équivalence du diplôme étranger avec le diplôme ou certificat suisse.

Aussi, afin d'obtenir un droit de pratique, condition obligatoire pour exercer l’ostéopathie à titre indépendant en Suisse, l’ostéopathe diplômé doit avoir subi avec succès l’examen inter cantonal pour ostéopathe (1ère et 2ème partie) organisé par la CDS (Conférence Suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé).

Pour prétendre pouvoir se présenter aux examens d'état (CDS), l'ostéopathe doit, dans tous les cas, posséder une formation de 5 ans à plein temps et effectuer une période d'assistanat équivalente au minimum à deux ans à 100% sous la supervision d'un ostéopathe diplômé CDS.

L'enseignement en cinq année et le diplôme CEESO Lyon (de niveau master) correspond aux critères minimum nécessaires pour postuler aux épreuves d'équivalences.
pour rappel, l’obtention du diplôme inter cantonal passe par l’examen inter cantonal qui comprend deux parties : Une partie probatoire et une partie exercice réel.
L’examen probatoire (de type QCM) porte sur les matières telles que l'embryologie, l'anatomie palpatoire, l'histologie, biologie, biochimie, etc.
L'examen inter-cantonal nécessite le succès au premier et consiste, au terme de 2 ans d’assistanat chez un ostéopathe diplômé CDS en une nouvelle série d'examen théorique et pratique.

C'est donc un travail sérieux et appliqué qui est demandé aux candidats.

A ce jour, une dizaine d'étudiants suisses ont suivi l'enseignement au CEESO Lyon, obtenu leur diplôme français, passé les équivalences et obtenu celles-ci. Ils exercent à ce jour en suisse (cf. Exemple d'une étudiante suisse).